U tipičnoj sintezi DNK, RNK i neprirodnih nukleinskih kiselina, korak uklanjanja zaštite i spajanja igra ključnu ulogu.
Korak uklanjanja zaštite je uklanjanje DMT grupe na čvrstoj podlozi ili 5' hidroksilne grupe na prethodnom nukleozidu sa organskom kiselinom i izlaganje hidroksilne grupe za sledeći korak spajanja.3% trihloroctena kiselina u dihlorometanu ili toluenu se uglavnom koristi za izvođenje koraka uklanjanja zaštite.Koncentracija trikloroctene kiseline i vrijeme uklanjanja zaštite (vrijeme deblokiranja) dominiraju čistoćom konačnih proizvoda.Niska koncentracija i nedovoljno vrijeme deblokiranja ostavlja neizreagovanu DMT grupu, koja smanjuje prinos i povećava neželjene nečistoće.Dugo vrijeme deblokiranja može dovesti do stvaranja depurina sintetiziranih sekvenci, formirajući neočekivane nečistoće.
Korak spajanja je osjetljiv na sadržaj vode u rastvaračima i vlagu u zraku.Koncentracija vode u sintezi trebala bi biti manja od 40 ppm, bolje manja od 25 ppm.Da bi se održala bezvodna sinteza, sinteza nukleinskih kiselina treba da se odvija u okruženju niske vlažnosti, tako da preporučujemo našim kupcima da koristeAmidites Dissolved Equipment, koji može otopiti praškasti ili uljni fosforamidit u bezvodnom acetonitrilu kako bi se izbjegao kontakt sa zrakom.
Budući da je otapanje fosforamidita bolje u situaciji bez vode, a molekularne zamke za adsorbiranje vode u tragovima u reagensima i amiditu, potrebno je pripremitiMolecular Traps.Preporučujemo sito od 2 g za boce reagensa od 50-250 ml, 5 g za boce reagensa od 250-500 ml, 10 g za boce reagensa od 500-1000 ml i 20 g za boce reagensa od 1000-2000 ml.
Otapanje fosforamidita treba obaviti u inertnoj atmosferi, a zamjena aktivatorskih reagensa i acetonitrila treba biti završena na vrijeme.Reagense za zatvaranje i oksidaciju treba iskoristiti što je prije moguće, otvoreni reagensi daju kraći rok trajanja i manje aktivnosti tokom sinteze.
Vrijeme objave: 09.08.2022